Senior Research Assistant (Bioinformatics/Data Management %26 Analysis)

English Version

PURPOSE OF THE POSITION

The purpose of this position is to provide bioinformatics support to the Scientists in the Genetic Epidemiology Group (Section of Genetics) who are investigating the molecular alterations (genomic and complementary omics) across cancer populations with different lifestyle and environmental contexts.

The incumbent is expected to work in close collaboration with Scientists in the Genetics Section (GEN), their external collaborators and the broader bioinformatics community at IARC.

More information about the GEP Group at IARC can be found at the following link\:

https\://www.iarc.fr/en/research-groups/GEP/index.php

DESCRIPTION OF DUTIES

Under the supervision of the first-level supervisor (Scientist within the GEP Group), the incumbent carries out the following key duties\:

1. Support the integration of omics analyses within GEP’s large scale multidisciplinary studies by bringing additional bioinformatics skills to the Section and by working with the broader bioinformatics community at IARC in order to\:

- Participate in the identification of strengths and limitations of strategies for quality control and analyses of high-dimensional data generated by the Group’s activities;

- Apply existing algorithms and suite of tools for implementing such analytical strategies;

- Facilitate resulting data visualisation and interpretation, as well as integration with data from other omics platforms and/or population-based data.

2. Provide computational (programming) support to the GEP Group by\:

- Contributing to adapt or develop, together with IARC bioinformaticians, scripts and analytical suites to fit the GEP needs;

- Facilitating access, storage, manipulation of high-dimensional data from external collaborators and other sources such as public repositories;

- Formatting data for submission to central repositories and for inclusion in scientific presentations and publications.

3. Participate in the Agency’s central bioinformatics activities\:

- Ensuring that the newly deployed methodologies are available across IARC and to the wider scientific community, as appropriate;

- Sharing experience with bioinformaticians in other IARC groups within and across the Section by participating in working groups, seminars and internally organized trainings.

4. Interact with external collaborators wherever relevant bioinformatics and data analysis knowledge is required, by discussing issues of common interest related to large data sets and their analysis for collaborative projects.

5. Keep abreast of technological developments in bioinformatics resources and tools relevant to the projects conducted in the Section, producing regular activity reports and presenting progress and results during group and section meetings.

REQUIRED QUALIFICATIONS

Education

Essential\: Graduation from secondary school or equivalent, and subsequent training (BTS, DUT or equivalent) in the field of specialization with possession of a diploma in bioinformatics, computer science, or related field.

Desirable\: Masters degree in bioinformatics, computer science or equivalent and/or training in biology and/or biostatistics.

Experience

Essential\: At least five years of professional experience in the field of bioinformatics analysis, using scripting languages and/or R programming, preferably in a research environment. In exceptional cases, outstandingly qualified candidates with less than 5 years of experience may be considered.

Desirable\: Experience in manipulating and analysing massively-parallel sequencing and other complex biologic datasets would be an asset. Acquaintance with Linux/Unix based high performance parallel computing with relevant informatics clusters management tools/job schedulers would be helpful.

Skills

Essential\:

• Excellent knowledge of one or more scripting or programming languages (e.g. Perl, Python, Ruby, C or Java etc.), preferably using the Unix/Linux environment.

• Acquaintance with statistical computing, preferably R statistical software package (or SAS or Stata software suites).

• Good general understanding of molecular and cell biology.

• Ability to understand and implement bioinformatics workflows for analysis of high-dimensional data.

• Ability to\: (i) clearly communicate results to a variety of audiences both orally and in writing; (ii) work autonomously and prioritize work in a demanding work environment; (iii) create clear, concise figures for publications and (iv) work harmoniously as a member of a multidisciplinary team with people of diverse educational and cultural backgrounds.

Desirable\: Hands-on knowledge of genomics analyses, especially in the context of cancer and/or epidemiological studies and/or acquaintance with additional types of omics data.

Languages

At least intermediate level of English is essential with intermediate or higher level of French being an asset.

ADDITIONAL INFORMATION

• IMPORTANT NOTE TO ALL CANDIDATES\:

Online applications can be filled out in English or in French. However, all candidates for this position should include in their online application, a cover letter in English.

Application profiles should include the details of all work experiences to date (including paid internships). Moreover, please include in your application profile, all scripting and programming languages you have worked with including your user level of each package.

In all cases, this recruitment is limited to persons in possession of a valid permit to work in France.

Eligible candidates from outside the local commuting area of Lyon must be French nationals or nationals of other countries who have been residing in France for at least three months at the time of recruitment.

Moreover, this recruitment is normally limited to candidates residing in the local commuting area of Lyon, France, although candidates from outside of Lyon are welcome to apply to this vacancy. In the case of several candidates being of equal rating, priority will however be given to candidates residing in the local commuting area. 

Candidates are expected to cover their own travel costs to and from IARC premises where the recruitment will take place.

The selected candidate must be prepared to relocate to Lyon at his/her own expense before taking up the position under recruitment.

• Only candidates under serious consideration will be contacted. Shortlisted candidates will be asked to give a technical presentation on a designated topic, followed by an interview with the recruitment committee. Technical presentations and interviews are scheduled to take place in Lyon during the week of 5 February 2018.

• Annual salary\: Euros 40308, net of French income tax (before deduction of the employee share of private social insurances applicable at IARC, i.e. staff health and accident insurances and pension fund).

• WHO/IARC has its own Staff Health Insurance and Pension plans and is not part of the French Social Security system ("Sécurité Sociale"), the French Pension system or the French unemployment benefit agency ("Pôle-Emploi").

• This vacancy notice may be used to fill other similar positions at the same grade level

• Any appointment/extension of appointment is subject to WHO Staff Regulations, Staff Rules and Manual.

• WHO is committed to workforce diversity.

• This vacancy is open to applicants of either sex.

• IARC has a smoke-free environment and does not recruit smokers or users of any form of tobacco.

Version française

OBJET DU POSTE

Ce poste a pour objet d’apporter un appui en bioinformatique aux chercheurs du Groupe Epidémiologie génétique (GEP) (Section Génétique) qui travaillent sur les altérations moléculaires (génomiques et « -omiques » complémentaires) dans les populations atteintes de cancer avec des modes de vie et des contextes environnementaux différents.

Le titulaire travaille en étroite collaboration avec les chercheurs de la Section Génétique (GEN), leurs collaborateurs extérieurs et l’ensemble de la communauté bioinformatique du CIRC.

Utilisez le lien suivant pour en savoir plus sur le Groupe GEP du CIRC \:

https\://www.iarc.fr/en/research-groups/GEP/index.php

DESCRIPTION DES FONCTIONS

Sous l’autorité du superviseur de premier niveau (Chercheur du Groupe GEP), le titulaire effectue les tâches clés suivantes \:

1. Aider à l’intégration des analyses « -omiques Â» dans les études pluridisciplinaires de grande dimension du Groupe GEP en apportant à la Section des compétences supplémentaires en bioinformatique et en collaborant avec la communauté bioinformatique du CIRC afin de \:

- Participer à l’identification des points forts et des limites stratégiques en matière de contrôle-qualité et d’analyse des données de grande dimension générées par les activités du Groupe ;

- Appliquer les algorithmes existants et utiliser la suite d’outils permettant de mettre en place ces stratégiques analytiques ;

- Faciliter la visualisation et l’interprétation des données qui en résultent ainsi que l’intégration aux données issues d’autres plateformes « -omiques Â» et/ou aux données basées dans la population.

2. Fournir un appui informatique (en programmation) au Groupe GEP \:

- Contribuer à l’adaptation et au développement, en collaboration avec les bioinformaticiens du CIRC, des scripts et suites analytiques pour répondre aux besoins du Groupe GEP ;

- Faciliter l’accès, le stockage et la manipulation des données de grande dimension provenant de collaborateurs extérieurs et d’autres sources telles que les répertoires publics ;

- Mettre en forme les données pour les soumettre aux dépôts numériques centraux et les utiliser dans des présentations et publications scientifiques.

3. Participer aux activités bioinformatiques du Centre \:

- Veiller à ce que les méthodologies nouvellement déployées soient accessibles aux collègues du CIRC et à la communauté scientifique dans son ensemble, le cas échéant ;

- Partager son expérience avec les bioinformaticiens des autres Groupes du Centre et au sein de la Section en participant aux groupes de travail, séminaires et formations organisées en interne.

4. Interagir avec les collaborateurs extérieurs dès lors que la connaissance contextuelle en bioinformatique et analyse des données est requise, par l’échange sur les questions d’intérêt commun liées aux ensembles de données de grande dimension et à leur analyse dans le cadre des projets collaboratifs.

5. Se tenir au courant des progrès technologiques concernant les outils et les ressources bioinformatiques pertinents aux projets menés par la Section, produire des rapports d’activité réguliers et les présenter lors de réunions de Groupe et de Section.

Formation

Essentiel \: Diplôme d’études secondaires ou équivalent (BTS, DUT ou équivalent), suivi d’une formation spécialisée dans le domaine concerné sanctionnée par un diplôme en bioinformatique, en informatique ou dans un domaine voisin.

Souhaitable \: Maîtrise en bioinformatique, en informatique ou équivalent et/ou formation en biologie et/ou biostatistique.

Expérience

Essentiel \: Au moins 5 années d’expérience professionnelle en analyse bioinformatique, utilisation des langages de script et/ou de programmation R, de préférence dans un environnement de recherche. Exceptionnellement, les candidats particulièrement qualifiés ayant moins de 5 années d’expérience pourront être retenus.

Souhaitable \: L’expérience dans la manipulation et l’analyse du séquençage massivement parallèle et d’autres ensembles de données biologiques complexes serait un atout. La connaissance des systèmes de calcul parallèles à hautes performances Linux/Unix et des outils appropriés de gestion des clusters informatiques/gestionnaires de tâches serait utile.

Compétences

Essentiel \:

• Excellente connaissance d’un ou de plusieurs langages de programmation ou de script (ex. Perl, Python, Ruby, C ou Java etc.), de préférence sous environnement Unix/Linux.

• Bonne connaissance des outils statistiques, de préférence le progiciel statistique R (ou les suites logicielles SAS ou Stata).

• Bonne compréhension générale de la biologie moléculaire et de la biologie cellulaire.

• Capacité à comprendre et mettre en œuvre les flux bioinformatiques pour l’analyse de données très complexes.

• Capacité à \: i) communiquer des résultats clairs à divers publics, à l’oral comme à l’écrit ; ii) travailler de manière autonome et prioriser le travail dans un environnement de travail exigeant ; iii) produire des chiffres clairs et concis pour les publications et iv) travailler harmonieusement au sein d’une équipe pluridisciplinaire avec des personnes d’origines sociale et culturelle diverses.

Souhaitable \: Connaissance des analyses génomiques, en particulier dans le contexte du cancer et/ou des études épidémiologiques et/ou connaissance d’autres types de données « -omiques ».

Langues

La connaissance au moins intermédiaire de l’anglais est indispensable. La connaissance au moins intermédiaire du français serait un atout.

INFORMATIONS COMPLEMENTAIRES

• REMARQUE IMPORTANTE A L’ATTENTION DE TOUS LES CANDIDATS \:

Les candidatures en ligne peuvent être remplies en anglais ou en français. Cependant, tous les candidats à ce poste devront inclure une lettre de motivation en anglais.

Le profil des candidats devra contenir toutes les informations concernant l'ensemble des expériences professionnelles à ce jour (y compris les stages rémunérés). De plus, vous voudrez bien mentionner dans votre profil de candidature tous les langages de script et de programmation avec lesquels vous avez travaillé, en indiquant votre niveau pour chaque outil.

Dans tous les cas, ce recrutement est limité aux personnes en possession d'un permis de travail valable en France.

Les candidats admissibles résidant en dehors de la zone pendulaire de Lyon doivent être des ressortissants français ou ressortissants d'autres pays ayant résidé en France pendant au moins trois mois au moment du recrutement.

Ce recrutement est normalement limité aux candidats résidant dans la région de Lyon (France) ; les personnes résidant en dehors de cette zone géographique peuvent aussi postuler à cette offre d'emploi, mais si plusieurs candidats sont ex aequo, la priorité sera donnée aux candidats résidant dans la zone pendulaire locale.

Les candidats devront couvrir leurs propres frais de voyage vers les locaux du CIRC, où le recrutement aura lieu.

Le candidat retenu doit être prêt à déménager à Lyon à ses frais avant de prendre ses fonctions.

• Seules les personnes dont la candidature est sérieusement prise en considération seront contactées. Les candidats sélectionnés devront faire une présentation technique sur un sujet donné, qui sera suivie d’un entretien avec le comité de recrutement. Les présentations techniques et les entretiens se dérouleront à Lyon pendant la semaine du 5 février 2018.

• Salaire annuel \: 40308 Euros, net d'impôt sur le revenu français (avant prélèvement des cotisations pour prestations sociales (assurance-maladie et accident, retraite) applicables au CIRC.

• L'OMS/CIRC possède son propre régime d’assurance-maladie et de retraite et n’a de ce fait aucun lien avec les régimes français de sécurité sociale ou de retraite et n’a, en outre, aucune convention avec Pôle-Emploi concernant les cessations d'emploi.

• Cette réquisition pourra être utilisée pour pourvoir un poste similaire, au même grade.

• Tout engagement/toute prolongation d'engagement doit être conforme au Statut du Personnel, au Règlement du Personnel et au Manuel de l'OMS.

• L'OMS s'engage en faveur de la diversité au sein de son personnel.

• Le poste est ouvert aux candidatures tant masculines que féminines.

• Le CIRC est un espace non-fumeur. L'Organisation ne recrute pas de consommateurs de tabac sous quelque forme que ce soit.